Langues : français English
Accueil > Equipes > ComBi

ComBi

COMbinatoire et Bio-Informatique

Responsable

Jeremie BOURDON
Téléphone +33(0)2 51 12 58 25

Responsable Adjoint

Guillaume FERTIN
Téléphone +33(0)2 51 12 58 24

Assistante

Elodie GUIDON
Téléphone +33(0)2 51 12 58 70

Présentation de l’équipe

L’équipe ComBi (Combinatoire et Bioinformatique) du LINA développe des
méthodes algorithmiques et mathématiques pour l’étude de problèmes
issus de la biologie. Les thématiques de recherche principales de
l’équipe se concentrent autour de la génomique comparative
et de la biologie des systèmes.

Axes de recherche

Génomique comparative

Les travaux de l’équipe ComBi portent sur le domaine de la génomique
comparative qui consiste à étudier et comprendre la structure et la
fonction d’un génome par la comparaison de différentes espèces (calcul
de distance, recherche de variants structuraux...). Cet
axe de recherche bénéficie de la puissance des outils informatiques
qui permettent de définir des modèles pour la
représentation des différents objets biologiques (ADN, ARN, protéine)
et de développer des méthodes algorithmiques et combinatoires capables
de gérer la complexité et la masse des données. L’apparition récente
des technologies de Séquençage Nouvelles Générations (NGS - Next
Generation Sequencing) offrent de nouvelles perspectives dans
l’analyse du génome et du transcriptome en produisant massivement et
rapidement de nouveaux génomes (assemblés ou non) et ce à moindre
coût. L’arrivée de ces nouvelles technologies révolutionnent également
les approches computationnelles de l’équipe qui développe des méthodes
adaptées à ce nouveau type de données, notamment pour la comparaison
de génomes non assemblés et l’analyse de données de transcription à
très haut débit (RNA-seq).

Analyse et modélisation statique et dynamique des systèmes
biologiques

L’équipe ComBi développe aussi une activité importante en biologie des
systèmes en utilisant les expertises informatiques et mathématiques de
ses membres. Deux axes sont privilégiés : (1) le développement d’outils
et de méthodes informatiques dédiés au traitement de grosses données,
en lien étroit avec les acteurs biologiques ; (2) le développement de
modèles probabilistes permettant d’intégrer les données de la
génomique à la physiologie quantitative. Ces développements sont
basés sur des outils informatiques de haut niveau : programmation par
contraintes, systèmes dynamiques et méthodes probabilistes.

Partenaires privilégiés

  • INRIA : IRISA : équipe DyLISS et Sophia-Antipolis : équipe BIOCORE
  • IRCCyN : équipe MeForBio
  • I3S, Nice
  • INRA centres de Nantes et Rennes
  • Station Biologique de Roscoff
  • Ecobio, Rennes
  • Matheon, Berlin (Allemagne)
  • CMM, Santiago du Chili (Chili)
  • IFREMER, Nantes
  • Institut du Thorax, Nantes
  • CRCNA, Nantes
  • LIGM, Université Paris-Est
  • Technische Universität Berlin (Allemagne)
  • Université Milano-Bicocca (Italie)
  • Rätsch lab, Computational Biology Center, Memorial Sloan Kettering Cancer Center (New-York, Etats-Unis)
  • Lawrence Berkeley National Lab, (Etats-Unis)

Projets en cours

  • Projet Régional GRIOTE (portage)
  • Projet Régional SyMeTRIC (co-portage)
  • ANR JCJC ImPeKAB
  • ANR Blanche SAMOSA
  • ANR Investissement d’avenir IDEALG
  • PICS Berkeley

Projets terminés récemment

  • PEPS CNRS C1PAP
  • PEPS CNRS METATRANS
  • PHC PROCOPE
  • ANR Blanche BIOTEMPO
  • PEPII CNRS AQUASYST
  • PEPS CNRS Quantoursin
  • Projet régional BIL

Dernière modification : mercredi 30 mars 2016