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HDR Gérard Ramstein

Résumé

Les travaux de recherche présentés par l’auteur ont pour objet l’application de techniques d’extraction de connaissances à partir de données (ECD) en biologie. Deux thèmes majeurs de recherche en bio-informatique sont abordés : la recherche d’homologues distants dans des familles de protéines et l’analyse du transcriptome.

La recherche d’homologues distants à partir de séquences protéiques est une problématique qui consiste à découvrir de nouveaux membres d’une famille de protéines. Celle-ci partageant généralement une fonction biologique, l’identification de la famille permet d’investiguer le rôle d’une séquence protéique. Des classifieurs ont été développés pour discriminer une superfamille de protéines particulière, celle des cytokines. Ces protéines sont impliquées dans le système immunitaire et leur étude est d’une importance cruciale en thérapeutique. La technique des Séparateurs à Vastes Marges (SVM) a été retenue, cette technique ayant donné les résultats les plus prometteurs pour ce type d’application. Une méthode originale de classification a été conçue, basée sur une étape préliminaire de découverte de mots sur-représentés dans la famille d’intérêt. L’apport de cette démarche est d’utiliser un dictionnaire retreint de motifs discriminants, par rapport à des techniques utilisant un espace global de k-mots. Une comparaison avec ces dernières méthodes montre la pertinence de cette approche en termes de performances de classification. La seconde contribution pour cette thématique porte sur l’agrégation des classifieurs basée sur des essaims grammaticaux. Cette méthode vise à optimiser l’association de classifieurs selon des modèles de comportement sociaux, à la manière des algorithmes génétiques d’optimisation.

Le deuxième axe de recherche traite de l’analyse des données du transcriptome. L’étude du transcriptome représente un enjeu considérable, tant du point de vue de la compréhension des mécanismes du vivant que des applications cliniques et pharmacologiques. L’analyse implicative sur des règles d’association, développée initialement par Régis Gras, a été appliquée aux données du transcriptome. Une approche originale basée sur des rangs d’observation a été proposée. Deux applications illustrent la pertinence de cette méthode : la sélection de gènes informatifs et la classification de tumeurs. Enfin, une collaboration étroite avec une équipe INSERM dirigée par Rémi Houlgatte a conduit à l’enrichissement d’une suite logicielle dédiée aux données de puces à ADN. Cette collection d’outils dénommée MADTOOLS a pour objectifs l’intégration de données du transcriptome et l’aide à la méta-analyse. Une application majeure de cette suite utilise les données publiques relatives aux pathologies musculaires. La méta-analyse, en se basant sur des jeux de données indépendants, améliore grandement la robustesse des résultats. L’étude systématique de ces données a mis en évidence des groupes de gènes co-exprimés de façon récurrente. Ces groupes conservent leur propriété discriminante au travers de jeux très divers en termes d’espèces, de maladies ou de conditions expérimentales. Cette étude peut évidemment se généraliser à l’ensemble des données publiques concernant le transcriptome. Elle ouvre la voie à une approche à très grande échelle de ce type de données pour l’étude d’autres pathologies humaines.

mots-clés : bio-informatique, fouille de données, séparateurs à vastes marges, agrégation de classifieurs, essaims grammaticaux, analyse statistique implicative, règles d’association, recherche d’homologues distants, méta-analyse de données d’expression.

Jury

  • Anne-Claude Camproux, Professeur à l’université Paris Diderot, Rapporteur
  • Robin Gras, Professeur associé à l’université de Windsor, Canada, Rapporteur
  • Alain Guénoche, Directeur de recherche CNRS, IML, Marseille, Rapporteur
  • Examinateurs : Jin-Kao Hao, Professeur à l’Université d’Angers, Examinateur
  • Rémi Houlgatte, Directeur de Recherche, INSERM U954, Nancy, Examinateur
  • Pascale Kuntz-Cosperec, Professeur à l’Université de Nantes, Examinateur

Dernière modification : vendredi 16 janvier 2015