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Jérémie Bourdon

Résumé

Mes travaux de recherche se situent à l’interface entre l’analyse en moyenne d’algorithmes et la bio-informatique. Ces travaux, allant de l’étude de problèmes sur les séquences à l’étude de systèmes biologiques, gardent un fil conducteur fort : quelles que soient les applications, l’objet d’étude central est une source probabiliste qui produit des mots. Je présente donc, dans cette habilitation à diriger des recherches, des travaux allant de l’étude de séquences (avec des applications bio-informatiques qui se concrétisent par la mise au point d’algorithmes dédiés de recherche de motifs et la définition de tests statistiques) à l’étude de systèmes biologiques (avec des développements qui ont été appliqués, en collaboration étroite avec des équipes de biologistes, à des modèles biologiques réels).

Composition du jury

  • Frédérique Bassino, Professeure, Université Paris XIII, Rapporteur
  • Alexander Bockmayr, Professeur, Freie Universität Berlin, Rapporteur
  • Hélène Touzet, Directrice de recherche, CNRS Lille, Rapporteur
  • Pierre Cointe, Professeur, Ecole des Mines de Nantes, Examinateur
  • Colin de la Higuera, Professeur, Université de Nantes, Examinateur
  • Gurvan Michel, Directeur de Recherche, Station Biologique de Roscoff, Examinateur
  • Mireille Régnier, Directrice de recherche, INRIA Saclay, Examinatrice
  • Olivier Roux, Professeur, Ecole Centrale de Nantes, Examinateur
  • Anne Siegel, Directrice de recherche, CNRS Rennes, Examinatrice
  • Brigitte Vallée, Directrice de recherche, CNRS Caen, Examinatrice

Abstract

Probabilistic sources : from sequences to systems

My research work are at the interface between average-case analysis of algorithms and computational biology. Several works, spanning from the study of problems on sequences to systems biology, are addressed. A unifying thread is followed : whatever the applications are, probabilistic sources of words plays the central role. These works find applications both in biological sequence analysis with a focus on the improvement of pattern matching algorithms and in the design of precise statistical tests, and in systems biology where strong collaborations with biologists permit to apply the developed methods to real living systems.

Exposé

Dernière modification : lundi 23 novembre 2015